Theo Đông y, hoàng liên vị đắng, lạnh, có tác dụng tả hoả giải độc, thanh tâm nhiệt, táo tỳ thấp, trị tiêu hoá không tốt, viêm ruột, hạ lỵ, đau bụng nôn mửa, trị đau mắt đỏ, tổn thương mí mắt. Lại chủ trị 5 tạng lạnh nóng, tiết tả ra máu mủ lâu ngày, trừ thuỷ, lợi xương ích mật, mồm miệng bị nhiệt lở loét...