Axit clohidric có vai trò rất quan trọng đối với quá trình trao đổi chất của cơ thể. Trong dung dịch dạ dày của người có axit clohidric với nồng độ khoảng từ 0,0001 đến 0,001 mol/l (có độ pH tương ứng là 4 và 3). Sự thay đổi chỉ số của nồng độ axit clohidric không cân bằng chính là lý do gây ra bệnh ra dạ dày.