Bệnh trào ngược dạ dày thực quản chủ yếu do cơ vòng thực quản họat động không bình thường. Bởi vậy không thể đóng kín chỗ nối giữa thực quản và dạ dày hoặc đóng ở thời điểm không phù hợp. Dịch dạ dày dễ dàng đi ngược lên thực quản. Để khỏi bệnh, bệnh nhân nên có chế độ ăn uống hợp lý nhất.